In 1958 werd de Keizersgrachtkerk onder leiding van C. van der Bom gerestaureerd.
De restauratie is fel bekritiseerd. Het fraaie hekwerk dat het bordes afsloot werd vervangen door glazen deuren. De linker ingang tot het souterrain verdween, die aan de rechterzijde werd gemoderniseerd. Ook het souterrain werd geheel gemoderniseerd. In het interieur maakte het overwegend bruin plaats voor lichtere tinten. Het oorspronkelijke dienst- en schoolgebouw aan de Kerkstraat maakte plaats voor een nieuw kantoor van vier verdiepingen.
In de jaren '90 werd de Keizergrachtkerk opnieuw verbouwd. Het podium werd vergroot en voorzien van nieuw ontworpen meubilair zoals de tafel, de katheder en de kaarsenhouder. De belangrijkste wijziging was het middenpad met de banken aan weerszijden. In 2025 is het Steenkuyl-orgel van de Keizersgrachtkerk gerestaureerd. Voor meer informatie over het orgel, zie hetorgel.nl.