In 1958 werd de Keizersgrachtkerk onder leiding van C. van der Bom gerestaureerd.
De restauratie is fel bekritiseerd. Het fraaie hekwerk dat het bordes afsloot werd vervangen door glazen deuren. De linker ingang tot het souterrain verdween, die aan de rechterzijde werd gemoderniseerd. Ook het souterrain werd geheel gemoderniseerd. In het interieur maakte het overwegend bruin plaats voor lichtere tinten. Het oorspronkelijke dienst- en schoolgebouw aan de Kerkstraat maakte plaats voor een nieuw kantoor van vier verdiepingen.
In 2006 werd de kerkzaal aangepast aan de wensen van de Keizersgrachtkerk-gemeente. Het podium werd vergroot en voorzien van nieuw ontworpen meubilair zoals de tafel, de katheder en de standaard voor de paaskaars. De kleurstelling van de zaal werd ook ingrijpend veranderd: van een rode preekstoel tegen een donkerhouten achterwand naar ton-sur-ton beigetinten met bruine en gouden accenten. Ook werd de indeling van de zaal veranderd: niet meer één middenvak, twee looppaden en twee zijvakken, maar één middenpad met de banken aan weerszijden en ook looppaden bij de muren.
In 2006 is het Steenkuyl-orgel van de Keizersgrachtkerk gerestaureerd. Voor meer informatie over het orgel, zie hetorgel.nl.